Nei secoli seguenti il palazzo ha subito alcuni importanti interventi di ristrutturazione e di ampliamento. La villa nel 1574 ha ospitato Enrico 111 di Valois, l'anno seguente divenuto re di Francia, nel 1683 San Gregorio Barbarigo (al tempo vescovo di Padova) e nel 1748 il cardinal Carlo Rezzonico, poi divenuto papa Clemente XIII. Acquistata nel 1905 da monsignor Francesco Beggiato la villa è diventata il patronato parrocchiale, dal 1927 retto dai padri canossiani.